Un artículo rebate la suposición de que los pseudogenes sean «basura» genética, y mantiene que la funcionalidad está «ampliamente extendida»

Casey Luskin

Debido a que los científicos evolucionistas han operado a menudo bajo la presuposición de que nuestros genomas están repletos de ADN basura carente de función, Jonathan M., de Evolution News and Views se ha visto recientemente involucrado en rebatir el escepticismo manifestado por el adversario de la tesis del Diseño Inteligente, Paul McBride, acerca de una amplia funcionalidad de los pseudogenes. Jonathan M. citaba un artículo publicado a principios de este año en la revista RNA Biology titulado: «Pseudogenes are not pseudo any more [Los pseudogenes han dejado de serlo]». Vale la pena explorar dicho artículo con más detalle, siendo que ofrece una convincente reseña de muchos estudios para llegar a la conclusión de que la funcionalidad está «ampliamente extendida» en los llamados pseudogenes:

Los pseudogenes fueron considerados durante largo tiempo como ADN genómico basura: presente en el genoma pero no codificante y carente de función. Sin embargo, descubrimientos en la antigua protista T. brucei, así como en algunos metazoos, indican que la regulación mediante pseudogenes está ampliamente extendida en los eucariontes. Por tanto, el mote de «pseudogenes» ha sido puesto en tela de juicio.

(Yan-Zi Wen, Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu, Francisco J. Ayala y Zhao-Rong Lun, «Pseudogenes are not pseudo any more [Los pseudogenes han dejado de serlo]», RNA Biology, Vol. 9(1):27-32 (enero, 2012).)

The autores escriben que hay unos 8.000 pseudogenes que se procesan en los humanos, además de muchos duplicados —pero esto no significa que sean mayormente basura. Grandes porcentajes de estos pseudogenes parecen estar conservados a través de diversas especies, lo que sugiere función:

El análisis comparado de pseudogenes procesados en los genomas del ratón y el humano ha demostrado de manera sorprendente que el 60% de los pseudogenes procesados están conservados en ambas especies de mamíferos. La gran abundancia y conservación de los pseudogenes en una diversidad de especies indica que las presiones selectivas preservan estos elementos genéticos, y sugieren que pueden verdaderamente realizar importantes funciones biológicas.

Los autores observan además que «se ha confirmado que los pseudogenes en el ratón producen transcripciones estables» y observan que se sabe que muchos pseudogenes se transcriben en los humanos. De hecho, los pseudogenes constituyen una gran proporción del transcriptoma humano:

Cosa sorprendente, se ha confirmado que la proporción de pseudogenes humanos transcritos en el transcriptona es de hasta el 20% sobre la base de una serie sistemática de análisis específicos RACE, embaldosamiento de microchips de ADN, y secuenciación de alto rendimiento.

Luego hacen la pregunta evidente: «Si los pseudogenes son disfuncionales, ¿por qué se expresan tan extensamente?» Y proceden a sugerir dos posibles explicaciones. Una posibilidad es que los pseudogenes no sean funcionales, pero que se transcriben accidentalmente como resultado de otros procesos celulares. Naturalmente, esto comportaría un enorme desperdicio de recursos celulares. La segunda posibilidad es que se transcriben porque son funcionales. Y prefieren la segunda opción:

Una explicación alternativa, que nos sentimos más inclinados a aceptar, es que las transcripciones de los pseudogenes son realmente productos funcionales, pero no aleatorios. Una cantidad creciente de ejemplos dan apoyo a esta explicación alternativa.

Luego analizan una impresionante lista de funciones que se han descubierto para los pseudogenes, incluyendo:

  1. Pueden funcionar como «inhibidores intracelulares en el desarrollo celular», donde los pseudogenes pueden «suprimir la traducción de los correspondientes funcionales».
  2. Pueden regular la expresión génica mediante interferencia de ARN (RNAi) donde pueden generarse pequeños ARNs interferentes (siRNAs) que desempeñan funciones en rutas de RNAi.
  3. Pueden producir transcripciones que sirven como «ARNs endógenos competitivos para sus genes cognados», lo que también sirve para regular la expresión génica.
  4. Pueden dar transcripciones que producen proteínas funcionales. Un ejemplo que se da es el pseudogén nanog que se sabe que produce proteínas en líneas de células cancerígenas.

Cambio de supuestos de partida

Después que se ha descubierto una función ampliamente extendida para un tipo de ADN «basura», vemos a menudo que los evolucionistas responden intentando reescribir la historia para sugerir que nadie nunca mantuvo que aquel tipo de ADN fuese basura. Pero, no fuere que alguien olvide la historia de los pseudogenes, este artículo no sólo fundamenta la funcionalidad «ampliamente extendida» en los pseudogenes, sino que también pone en claro que se había supuesto que eran ADN «basura» o «residual»:

Analizamos los mecanismos de regulación de los pseudogenes al nivel postranscripcional y proponemos nuevas ideas para la comprensión de la evolución de estos a veces llamados «genes basura» o «ADN basura», buscando estimular el interés del científico y mayor investigación acerca de este tema.

Una razón por la que los evolucionistas han sido remisos en abandonar la suposición de que los pseudogenes son basura puede ser porque sus funciones son difíciles de detectar. Como apuntan los autores: «casi todos los pseudogenes que exhiben una actividad biológica significativa se expresan en líneas específicas de tejidos o de células». Así, no se trata de que cada pseudogén funcional se expresará en cada célula individual —sólo ciertos tejidos específicos o ciertas líneas celulares usarían el pseudogén para alguna función.

Además, es difícil detectar la funcionalidad en el caso de los pseudogenes porque durante años hemos carecido de los instrumentos de investigación para comprender cómo influían en la expresión génica. Muchos científicos evolucionistas dieron por supuesto que eran «basura» basándose en sus secuencias de ADN, pero mejora en los métodos de investigación deberían mejorar de forma espectacular nuestra capacidad de detectar sus funciones:

En conjunto, estos resultados indican que el descubrimiento de las funciones de los pseudogenes depende de las técnicas y metodologías que se emplean. Quedan muchos pseudogenes expresados por anotar. Creemos que se descubrirán más y más pseudogenes funcionales según se van desarrollando novedosas tecnologías biológicas en el futuro.

Y concluyen: «El estudio de los pseudogenes funcionales se encuentra sólo en el comienzo». Parece que los proponentes de la tesis del Diseño Inteligente han estado en lo cierto al apremiar un método de «esperar a ver» por lo que se refiere a los pseudogenes.

La implicación es que los materialistas que quieren considerar el genoma como algo lleno de restos inútiles ya no pueden justificar el supuesto de partida de que los pseudogenes son restos carentes de función. Estamos justo comenzando a comprender sus funciones, y estamos justo comenzando a desarrollar la tecnología para comprender lo que hacen. Al ir mejorando la tecnología se irán descubriendo más y más pseudogenes funcionales. Básicamente, el mensaje de este artículo es que la hipótesis de trabajo de que los pseudogenes son unos residuos carentes de funcionalidad ya no está sustentada por los datos.

Fuente: Evolution News – Paper Rebuffs Assumption that Pseudogenes Are Genetic “Junk,” Claims Function Is “Widespread” 14/08/2012
Redacción: Evolution News & Views © 2012 – www.evolutionnews.org
Traducción y adaptación: Santiago Escuain — © SEDIN 2012 – www.sedin.org

8 Respuestas para Un artículo rebate la suposición de que los pseudogenes sean «basura» genética, y mantiene que la funcionalidad está «ampliamente extendida»

  1. Como ciudadano de a pie (quiero decir que no soy biólogo, ni científico) entiendo que los (equivocadamente ) llamados pseudogenes, deben ser tal como muestran las recientes investigaciones funcionales y no “basura”. Si la teoria darwiniana de la seleccion natural fuera cierta, hace millones de años habria desechado este genoma “basura”, pero , como se menciona en este articulo , “grandes porcentajes de estos pseudogenes parecen estar conservados a través de diversas especies”, esto indica que tales “genes basura” son en realidad D.I. ¿Estoy en lo cierto?

  2. Disculpando mi actitud neofita, pero hasta cierto punto, tenia entendido, que la compleja determinación del ADN, podría ser base de un argumento sobre diseño inteligente. Algo mas bien relacionado a la probabilidad inexistente de que la nada produzca información tan detallada. Entonces mi comentario va mas enfocado a la idea expresada.

    ¿El ADN forma parte de la cadena evolutiva?

    Según he leido, las probabilidades en contra, son abrumadoras, algo de una en trillones de trillones, lo que la imposibilitaria en nuestro mundo, tomando en cuenta la cantidad de tiempo relativamente corta que los cientificos proponen para nuestro universo.

    Ahora, según este ilustrativo artículo, los evolucionistas pasan por alto este punto, como dije antes, perdonando mi inexperiencia, ¿como se saltan este argumento?

    Saludos.

  3. Yo estoy de acuerdo con Nicolas. Creo que la complejidad irreducible en las moleculas que componen las celulas no pueden explicarse mediante evolucion, ya sea evolucion darwiniana, la marquiana o simbiogenetia.
    La vida procede siempre de vida preexistente. Ahora bien, ¿es posible que
    en un pasado remoto se violara esta ley fundamental?
    ¿Pudo surgir espontáneamente la vida a partir de materia inerte? ¿Que probabilidades
    hay de que algo ası ocurriera?
    Para que una celula sobreviva se precisa la intervención conjunta de, como mınimo,
    tres tipos de moleculas complejas: ADN (acido desoxirribonucleico), ARN (acido
    ribonucleico) y proteınas. Pocos cientıficos sostendrıan hoy que una celula viva completa
    se formo subitamente por azar a partir de una mezcla de compuestos inanimados.
    Pero ¿que probabilidad hay de que el ARN o las proteınas s´ı lo hicieran?_
    Un experimento realizado en 1953 da pie a muchos cientıficos para creer que
    la vida se origino espontaneamente.
    El quı´mico Stanley L. Miller obtuvo aminoacidos (los bloques basicos de las proteınas) enviando
    descargas electricas a una mezcla de gases que simulaba la atmosfera
    terrestre primitiva. Posteriormente, se detectaron aminoácidos en un meteorito. ¿Significan tales hallazgos que todos los componentes basicos de la vida
    se produjeron facilmente por casualidad? “Algunos autores —dice Robert Shapiro,
    profesor emerito de Quımica de la Universidad de Nueva York— han imaginado
    que todos los componentes de la vida se encontraban ya en los meteoritos
    y podrıan formarse facilmente mediante experimentos parecidos al de Miller.
    Pero ese no es el caso.”
    Examinemos la molecula de ARN, formada a su vez por moleculas de menor
    tamaño llamadas nucleotidos. Un nucleotido es distinto de un aminoacido y ligeramente
    mas complejo. “Nunca se ha detectado la presencia de ningun nucleotido, ni
    entre los productos de los experimentos con descargas electricas ni en los estudios de meteoritos”, afirma Shapiro Y añade que la probabilidad de que una molecula autorreplicante de
    ARN se ensamblara por casualidad en un estanque de bloques quımicos “es tan pequeña,
    que el hecho de que ocurra, aunque solo fuere una vez, en cualquier lugar
    del universo visible, se considerarıa una suerte de milagro”

  4. Jejeje que entretenido, según tu comentario Eladio, para que aceptemos la evolución desde el principio de la vida, sin intervención de un “tercero inteligente”, según las probabilidades estadisticas, sería necesario aceptar un milagro, o sea, la intervención de un “tercero”. Por una u otra parte, terminamos apuntando al diseñador.

  5. Ası como hay padres a quienes les resulta violento hablar del origen de los bebes, hay tambien cientıficos que se resisten a hablar de una cuestion aun mas trascendental: de donde vino la vida. Una respuesta verosımil puede repercutir hondamente en nuestra filosofıa de vida. Entonces, ¿como empezo todo?

    Muchos diran que la vida se inicio hace miles de millones de años en la orilla de una
    charca de marea o en el fondo del oceano. Suponen que en un entorno ası, algunos
    compuestos quimicos se ensamblaron al azar para crear estructuras semejantes a
    burbujas, formaron moleculas complejas y empezaron a reproducirse. Segun su tesis,
    toda forma de vida en la Tierra se origino por casualidad a partir de una o mas de estas ce lulas primigenias “simples”.
    Otros cientıficos evolucionistas eminentes no opinan igual. Conjeturan que
    las primeras celulas, o al menos sus componentes principales, llegaron a la Tierra
    procedentes del espacio. ¿Por que? Porque los mejores esfuerzos por demostrar
    que la vida puede surgir a partir de moleculas inertes han sido infructuosos. Subrayando esta dificultad, el profesor de Biologıa Alexandre Meinesz dijo en 2008: que durante los pasados cincuenta años, “ninguna prueba empırica ha sustentado la hipotesis de la aparicion espontanea de
    la vida en la Tierra a partir de una simple sopa molecular, y ningun avance significativo
    en el conocimiento.

    Examinemos la molecula de ARN, formada a su vez por moleculas de menor
    tamaño llamadas nucleotidos. Un nucleotido es distinto de un aminoacido y ligeramente
    mas complejo. “Nunca se ha detectado la presencia de ningun nucleotido, ni entre los productos de los experimentos con descargas electricas ni en los estudios de meteoritos”, afirma
    Shapiro. Y anñade que la probabilidad de que una molecula autorreplicante de
    ARN se ensamblara por casualidad en un estanque de bloques quimicos “es tan pequeña, que el hecho de que ocurra, aunque solo fuere una vez, en cualquier lugar del universo visible, se consideraria una suerte milagro.

  6. BUSCANDO UNA RESPUESTA AL ORIGEN:
    Argumento filosofico:
    Si el inicio de la existencia fue debido al azar como afirman los evolucionistas ¿porque existe algo en lugar de nada?
    (ex nihilo nihil fit) (Gottfried Leibniz)
    Argumento Cosmologico: :
    1. Todo lo que comienza (tiene inicio) a existir debe tener una causa
    2. El Universo comenzo (tuvo un inicio) a existir
    3. Luego la existencia del Universo tiene un causa

    MI REFLEXION A ESTE SILOGISMO: La “causa” del universo tiene que ser transcendente y mas allá del universo, además esta “causa” no debe haber sido “causada”, porque no puede haber una regresión infinita de causas Es por tanto, la primera “causa” no causada. ¿Qué características debe poseer esta “causa” incausada? Primero, debe trascender el espacio y el tiempo, porque creo el espacio y el tiempo, y como no esta dentro del tiempo no es cambiable. Ademas la “causa” como no esta en el espacio, debe ser inmaterial, no físico .Debe ser todopoderoso debido a que hizo que tanto la materia como la energía existieran. Finalmente, es probable que esta “causa” incausada sea un ser personal.. Al.Ghazali argumentaba sobre la “causa del Universo”; “esta es la única manera de explicar como una causa sin tiempo puede dar comienzo a un efecto temporal, por ejemplo el Universo.
    Si la “causa” es suficiente para producir su efecto, si la causa esta presente el efecto también debe estar presente. Por ejemplo: la “causa” de que el agua se congele es que la temperatura debe ser de menos de 0 grados centígrados. Si la temperatura hubiera estado por debajo de 0 grados centígrados desde la eternidad, entonces el agua que estaba cerca hubiera estado congelada por la eternidad. Seria imposible que el agua comenzara por si sola (sin la causa de la temperatura) a congelarse en algún tiempo del pasada infinito.
    Es decir, si la “causa” esta presente entonces el “efecto” también esta presente y no a la inversa. Ahora, la “causa” del Universo nunca comenzó a existir pues esta fuera del tiempo. ¿Entonces porque el Universo no es también sin inicio? ¿Por qué el universo tuvo que iniciarse hace solo unos 18 billones de años? ¿Por qué el universo no es sin inicio como su “causa”?
    La única respuesta es que la “causa” debería ser un Ser Personal, que tenga una voluntad libre, que el crear el Universo haya sido un acto libre, independientemente de cualquier condición previa (Ver citas biblicas como Génesis 1:1 y Revelación 4:11). Por tanto, quien haya creado el Universo no puede ser espontáneo o nuevo. Así que la “causa” puede existir eternamente, pero que hace un tiempo finito (los astrónomos dicen que hace 18 billones de años) quiso crear un nuevo efecto y hacer que el Universo comenzara a existir. Y con este razonamiento llegamos no solo a la “causa” transcendental del universo sino a su creador personal.

    ¿Tu que opinas?

  7. En la últimas semanas se han vetado algunos comentarios y a algunos foristas tanto favorables como desfavorables con las tesis sostenidas en este blog.

    Por lo cual resulta necesario explicar las razones por las que se ha realizado este veto y cuáles son las normas a observarse a fin de no ser vetado.

    Se vetarán los siguientes comentarios:

    1. Aquellos que realicen cualquier tipo de descalificación a otro forista.
    2. Aquellos que presenten insultos dirigidos de modo particular o general.
    3. Aquellos de carácter ambiguo o que no guarden relación con el tema del post.
    4. Aquellos que presenten un mensaje de carácter personal.
    5. Aquellos que involucren ideas religiosas o políticas. Hay que recordar que el DI debe ser tratado aquí dentro de los ámbitos científico y filosófico más no religioso o político. Es verdad que el DI es usado como instrumento apologético por muchas web de carácter religioso así como defenestrado por webs ateas o anti-religiosas. En ambos tipos de web se puede decir todo lo que se quiera a favor o en contra del DI aplicando argumentos religiosos o antirreligiosos, pero no aquí.

    Se vetaran a los comentaristas que incurran en las siguientes situaciones:

    1. Un uso reiterado de descalificaciones y expresiones insultantes.
    2. Un uso dedicado y sistemático en la mayoría de los post y prolongado durante meses o incluso años de este blog como plataforma de opiniones personales. El hecho de que se permitan comentarios a los post tanto a favor como en contra enriquece el contenido, incrementa el interés y el número de visitas. Sin embargo, ello no da cobertura para que este blog se deba convertir en la web personal de un tercero. Si el forista quiere tener un espacio para expresar sus ideas de un modo sistemático y prolongado puede pagar un hosting o abrir un blog gratuito en el cual escribir y publicar sus ideas a favor o en contra del DI con total libertad. Si bien esta actuación puede tolerarse por un tiempo, no puede hacerse a perpetuidad dado que este blog no puede convertirse en ningún caso en “su blog” ni confiere un “derecho” al forista de ser publicado.

    Otras recomendaciones:

    En recientes comentarios, que han sido admitidos, se han hecho uso de citas bíblicas en los argumentos presentados. Recomiendo a los foristas no hacerlo por las siguientes razones:

    No se puede resolver una discusión de carácter científico o filosófico con una cita bíblica. Esto tiene sentido desde la perspectiva de la fe y es totalmente válido en una web religiosa o de apologética cristiana, pero no en un blog sobre el DI. Es verdad que por sus implicancias metafísicas el DI se confunde con facilidad como un recurso apologético religioso y muchos creyentes por esta razón consideran oportuno comentar en este blog con dicho enfoque, pero ello es un error.

    Esta práctica perjudica el discurso del DI al asociarlo de este modo directo a la religión, algo que es usado por sus detractores con denuedo y qué, con la presencia de estas prácticas en los comentarios de este blog, se contribuyen a validad esta crítica.

    Aunque no todos los adherentes al DI son teístas, lo cierto es que la mayoría si lo son y esto unido al hecho que el diseño implica un diseñador que a su vez implica un creador, el DI resulta, en este sentido, ser filosóficamente creacionista. Negar esto es absurdo. Sin embargo, esto no significa que por ser creacionista la misma deba suscribir todos los distintos tipos de creacionismo que hayan sido propuestos ni que sea a su vez responsable de sus particulares argumentos y actuaciones.

    Por otra parte el DI no debe ser impuesto ni buscarse su implantación en la enseñanza (tal como se intento en Dover) ya que este sólo debe mantener un perfil informativo en el ámbito científico, filosófico e incluso en el religioso. Si el DI sobrevive o desaparece solo debe serlo a causa de su solvencia científica o filosófica nunca por efecto de su uso apologético. En este sentido ruego a los foristas evitar toda referencia de naturaleza religiosa o antireligiosa en los comentarios. Solo limitarse a expresar planteamientos que no escapen del ámbito científico o filosófico.

    Gracias por la atención.

  8. 1.- Completamente de acuerdo con el moderador, no le quito ni le sumo ni una sola coma.

    2.- Eladio, agradezco que te tomes el tiempo de comentarme tus argumentos, filosoficamente son muy bien tramados, y a mi me gusta mucho la filosofia y la epistemologia. Desde este punto de vista solo le agregaría una arista de mi cosecha, y es el hecho de que la ciencia se basa en la observacion basicamente, y según lo que observamos, hemos descubierto que existe una conciencia, que por mucho que se teorice sobre su ubicacion fisica en nuestra fisionomia, aun la medicina no ha dado con certeza sobre la ubicacion de este nuestro ser, podemos ver las sinapsis, la corteza trabajando, los ojos observando, pero nadie sabe donde está la esencia que maneja estas operaciones, por ende estimo que para que algo pueda crear, y para que este algo sea invisible fisicamente, asi como lo es nuestro ser conciente, debe necesariamente ser una conciencia autonoma, o sea un ser racional y personal.
    Eso es solo mi punto de vista, desde una base filosofica, y basada en el diseñador, ya cientificamente hablando, este blog esta lleno de datos duros, sobre el DI que serviria como medio de expresion para esta conciencia creadora, cada dia que pasa, la evidencia se hace insostenible para el evolucionismo, lo que me pone ancioso al saber el tremendo paso que sera para la humanidad dejar este viejo dogma de lado y dirigir a la ciencia por un nuevo paradigma al que realmente al fin podriamos llamar “Evolucion”.

    Saludos.

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